Родился 16 января 1963 года.

Имеет высшее инженерное железнодорожное образование. Служил в рядах вооруженных сил Союза ССР (организация военных сообщений на железнодорожном транспорте). В 1992 году вышел в запас в звании майора.

С 1993 года занимал руководящие посты в ряде коммерческих транспортных компаний. С 2008 по 2015 гг. являлся генеральным директором и членом совета директоров группы компаний Globaltrans. Господин Мальцев имеет двадцатипятилетний опыт управленческой работы в железнодорожной отрасли. Все эти годы принимает активное участие в процессах реформирования железнодорожного транспорта. В 2006 году приказом Министерства транспорта РФ награжден нагрудным знаком «Почетный железнодорожник» за большой вклад в развитие железнодорожного транспорта;  в 2009 году -  нагрудным знаком «В память 200-летия управления водяными и сухопутными сообщениями» за большой личный вклад в развитие рынка железнодорожных перевозок, транспортной политики и логистики железнодорожной отрасли.

В 2009 году Мальцев стал одним из инициаторов создания Некоммерческого Партнёрства «Совет участников рынка услуг операторов железнодорожного подвижного состава», объединяющего независимых участников российского рынка железнодорожных перевозок (ныне - СРО Союз операторов железнодорожного транспорта). С 2009 по 2014 год являлся Председателем Президиума объединения.

С 2014 по январь 2016 гг. Сергей Валентинович Мальцев занимал пост Председателя Совета потребителей по вопросам деятельности ОАО «РЖД» - совещательно-консультационного органа при Правительственной комиссии по транспорту.

В ноябре 2015 г. - марте 2017 г. - старший вице-президент ОАО "РЖД".

В августе 2017 года назначен директором по стратегии группы Globaltrans. 27 апреля 2018 года Сергей Мальцев возглавил Совет директоров группы.